U male djece, u slučaju hormonske abnormalnosti, liječenje se može sastojati od injekcija Testosteron, čiju dozu i redovitost postavlja endokrinolog. Ovaj dobro praćen tretman povećava veličinu penisa. Kada je mikropenis uzrokovan tkivima penisa koja su neosjetljiva na testosteron, ovaj hormonski tretman nema učinka.

Što se prije otkrije mikropenis, što se tretman brže provodi, to će biti učinkovitiji. Liječenje može biti potrebno i oko puberteta. Nakon puberteta hormonsko liječenje više nije učinkovito jer tkiva više ne reagiraju na isti način.

Kirurško liječenje mikropenisa     

U odrasloj dobi, kada mikropenis nije liječen ili kada liječenje nije bilo dovoljno učinkovito, kirurgija je moguće. Međutim, ne daje uvijek uvjerljive rezultate.

Presjek ligamenta viseći penisa, koji ide od penisa do pubisa, može se ponuditi. Ni na koji način ne modificira penis, već ga djelomično odvaja od pubisa, čineći ga dužim. Uočeno povećanje je 1 do 2 cm u mlohavom stanju i 1,7 cm u erekciji. To se produljenje postiže po cijenu nestabilnog penisa u erekciji, budući da je slabije pričvršćen za pubis, što može otežati penetraciju.

THEautologna injekcija masti uključuje ubrizgavanje masnoće subjekta pod kožu njegovog penisa. To nikako ne produljuje penis, ali ga vizualno čini debljim. Samo dio nanesene masti tijelo ne apsorbira tijekom vremena (10 do 50% ovisno o subjektu). Resorpcija može biti neravnomjerna i dovesti do izgleda penisa u obliku krunice.

Mikropenis može imati značajne psihološke reperkusije, posebno tijekom adolescencije, važno je da se osobi pomogne i da se njegove sumnje uzmu u obzir.